L'edificio che accoglieva la scuola era circondato da un muro oltre il quale non si vedeva nulla delle attività che i giovani svolgevano, ma il cancello d'ingresso durante il giorno rimaneva sempre aperto affinché chiunque avesse desiderato entrare potesse chiederlo. Non tutti però venivano accolti e a scegliere chi era adatto o meno era proprio Pitagora.
Chi veniva ammesso si trasferiva a vivere nella cittadina Scuola con tutti gli altri scolari e doveva lasciare ad un curatore tutti i suoi averi, che però poteva recuperare come e quando voleva. Indossavano vesti bianche e l'accesso era aperto sia ad uomini che donne con la sola differenza che l'iniziazione per le donne era adattata per permettere loro di poterla affrontare, probabilmente per le differenze fisiche che esistono tra i sessi.
Questo fu un edificio di educazione, dove si rendevano gli uomini (e le donne) liberi, era un accademia scientifica e una cittadina modello.
La Scuola Pitagorica fu il primo esempio occidentale, probabilmente il più importante, di iniziazione laica ai misteri dell'Uomo, del Cielo e della Terra.
Era posta sotto la protezione simbolica di due importanti divinità: Apollo e Cerere. Il primo conteneva i misteri dell'Uomo e del Cielo, mentre la seconda della Donna e della Terra.
Sull'ingresso presso il cancello era posta una statua di Ermete ed una scritta:
“Eskate Bèbelai”
-lungi i profani-.
Non tutti potevano accedere perchè il Maestro sapeva riconoscere la struttura psicofica di ognuno e riconosceva chi era in grado di percorrere un certo percorso e come, Egli diceva: “non tutti i legni sono adatti per farne un Mercurio”
Secondo alcuni studiosi Pitagora è l'inventore della Fisiognomica. Egli studiava le movenze dei suoi allievi, la loro struttura fisica e come si atteggiava il loro viso nelle varie circostanze e da quello otteneva molte informazioni, a quanto pare un precursore della PNL. Così sapeva sempre chi era adatto e chi no allo studio, alla pratica, al silenzio e alla divulgazione.
L'ammissione alla Scuola avveniva attraverso una piccola iniziazione che si rifaceva a quella del Tempio di Menfi ma di molto variata ed adattata alla cultura greca che la voleva un po' meno cruenta.
Il richiedente che fosse ammesso alle prove doveva passare una notte intera in una grotta al buio e in solitudine profonda, vittima della propria paura nella profondità e nel buio della terra.. Se fosse fuggito o avesse rifiutato di entrare sarebbe stato scartato subito. Superata questa prova ve ne era una seconda. Il giovane veniva chiuso per 12 ore in una stanza piccola, fredda e umida con acqua e pane, con lui una lavagna e il compito di risolvere un problema elaborato dallo stesso Maestro che intenzionalmente era irrisolvibili se non alla conclusione degli studi all'interno della Scuola, come ad esempio: ” che cosa significa il triangolo inscritto nel cerchio?” oppure: “perché il dodecaedro compreso nella sfera è il simbolo dell'universo?” Trascorso il tempo, il giovane veniva fatto uscire e gli scolari avevano l'ordine di deriderlo e canzonarlo a seconda delle risposte che avrebbe dato, sia giuste che sbagliate, umiliandolo e di scoraggiarlo. A seconda della reazione che avrebbe avuto l'iniziando, se di ironia verso se stesso oppure di chiusura e offesa, sarebbe apparso il Maestro a dirgli se il suo amor proprio aveva superato la prova oppure l'orgoglio e la presunzione lo avevano escluso. Infatti per Pitagora il principio primo su cui si basava tutto era la condivisione e l'Amicizia, e non la mera conoscenza teorica.
Era dedicata tanta cura al corpo, il Maestro riteneva infatti che chi non avesse cura di esso e non lo mantenesse in armonia non poteva essere neppure in armonia con l'Universo.
Una giornata tipo dello scolaro Pitagorico si svolgeva alzandosi la mattina ascoltando i Versi Aurei del proprio grado di apprendimento e i canti ad Apollo, le abluzioni quotidiane per poi recarsi alle lezioni che si svolgevano o nel portico della scuola o nei boschi vicini, seduti sulla terra. Nel pomeriggio ci si dedicava agli esercizi fisici, allo studio e alla meditazioni sugli argomenti trattati, al dialogo con gli amici e agli scambi tra tutti. Pitagora chiedeva ai novizi di scegliere un amico particolare, di formare coppie, e questa scelta doveva cadere su quella persona che si riteneva avesse le caratteristiche che si desiderava raggiungere, così che funzionasse sempre come una memoria vivente. Alla fine della giornata si cenava tutti insieme e si finiva con leggere qualche verso e commentarlo insieme.
[left]Si festeggiavano tutte le feste annuali con danze e canti, si celebravano matrimoni, ma solo dopo essere arrivati al secondo grado di apprendimento, prima era richiesto al novizio un periodo di castità.